Flujo de trabajo de NGS del microbioma patentado para detectar el SARSCoV2

En la actual pandemia de COVID-19, la Organización Mundial de la Salud (OMS) ha hecho hincapié en que las pruebas masivas son un paso clave para detener la propagación del virus. La detección del SARS-CoV-2 debe incluir a todos los casos sospechosos, así como a las personas asintomáticas que estén en contacto con ellos. Pero los esfuerzos por identificar el COVID-19 han revelado deficiencias en la capacidad de analizar rápidamente millones de muestras de pacientes en todo el mundo.

Es extremadamente difícil ampliar los ensayos de RT-qPCR a muchos miles de muestras de pacientes al día; los suministros de estos termocicladores de qPCR son limitados y el personal técnico necesario para manipular las placas -incluso con manipuladores de líquidos automatizados- no se amplía adecuadamente para analizar a millones de pacientes de forma rutinaria. En consecuencia, las personas infectadas que transmiten COVID-19 sin saberlo y amplifican las condiciones de la pandemia aumentan continuamente.

Biome Makers es una startup comprometida con los retos sociales y cree que es nuestra responsabilidad compartir nuestros conocimientos para responder al brote pandémico, permitiendo realizar pruebas de alto rendimiento a los pacientes de SARS-CoV-2. Esto permitirá identificar y limitar la transmisión de personas asintomáticas y prevenir la aparición de olas de infección posteriores, especialmente después de que se suspendan las tácticas sociales para contener la propagación inicial de la enfermedad en todo el mundo.

Por ese motivo, hemos adaptado nuestra secuenciación dirigida de amplicones del microbioma para detectar el SARS-CoV-2 utilizando el secuenciador de próxima generación más común del mundo: El MiSeq de Illumina. Este dispositivo está ahora ampliamente disponible en todo el mundo, incluyendo la disponibilidad interna en hospitales, clínicas, instituciones de investigación y proveedores de servicios comerciales.

El flujo de trabajo permite la detección del ARN viral del COVID-19 y multiplica por 10 los ensayos actuales de RT-qPCR, utilizando una sencilla preparación de bibliotecas seguida de secuenciación de próxima generación (NGS). El método amplifica dos genes del SARS-CoV-2 e incluye múltiples controles para obtener un informe preciso y cuantitativo. Además, hemos adaptado el pipeline computacional del microbioma de Biome Makers para procesar los datos de secuenciación, proporcionando una solución integral para identificar el SARS-CoV-2 en muestras biológicas. Recomendamos utilizar este enfoque junto con el aislamiento automático del ARN viral y los robots de pipeteo.

Todo el flujo de trabajo puede completarse en horas, lo que ayuda a escalar y acelerar la identificación de COVID-19. Con este desarrollo, pretendemos contribuir a la lucha contra esta pandemia, que ya ha causado importantes daños a nuestra sociedad y podría seguir haciéndolo si no disponemos de las herramientas adecuadas para controlarla.

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Alberto Acedo, Ph.D. - acedo@biomemakers.com